Na iedere projectoproep krijgen goedgekeurde projecten een uitnodiging van het GTS voor een Seminarie voor Hoofdpartners. Hier krijgen de Hoofdpartners praktische informatie over de eisen die het 2 Zeeën Programma stelt op het gebied van projectuitvoering en beheer, met name ten aanzien van monitoring- en rapportageprocedures, eerstelijnscontrole en uitbetaling.
Na formele goedkeuring door de Stuurgroep moet het project zo spoedig mogelijk een origineel, ondertekend exemplaar van het subsidiecontract terugsturen naar het GTS. Bij het eerste voortgangsrapport zal het project worden gevraagd om de partnerschapsovereenkomst mee te sturen. Het sjabloon voor deze twee documenten is te vinden op de website. Bij het tweede voortgangsrapport moet een communicatiestrategie voor het project worden meegestuurd.
Via een speciale procedure kan de Hoofdpartner projectwijzigingen aanvragen. Grote projectwijzigingen (met of zonder financiële gevolgen) moeten worden aangevraagd via een 'procedure voor projectwijziging'. Grote wijzigingen met financiële gevolgen zijn twee maal toegestaan gedurende het project. Meer informatie over deze procedure is te vinden in hoofdstuk 9 van het Handboek van het Programma.
Alle documentatie ter ondersteuning en rechtvaardiging van de subsidiabiliteit van de door de begunstigden gedeclareerde uitgaven moet worden bewaard, terug te vinden en toegankelijk zijn tot 31 december 2025.
Deze eis geldt voor administratieve stukken (boekhouding), juridische en ondersteunende documenten (bijvoorbeeld Subsidiecontract, Aanvraagformulier, contracten met dienstverleners, documenten van aanbestedingsprocedures en huurovereenkomsten/-contracten), belangrijke correspondentie met de Programma-autoriteiten en documenten met betrekking tot de uitgaven (facturen, bankafschriften, tickets) en de link van de uitgaven met de projectactiviteiten (aanwezigheidslijst, agenda, notulen, ...).
Eerstelijnscontroleurs zijn verplicht te controleren dat de begunstigden voldoen aan de programmavereisten betreffende een duidelijk en transparant auditspoor.