Elke projectpartner moet zijn eigen gedeclareerde uitgaven voor 100% laten controleren door een onafhankelijke controleur: dit heet de Eerstelijnscontrole.

Binnen het Programma wordt gewerkt met twee verschillende nationale systemen voor Eerstelijnscontrole: een gecentraliseerd systeem in Vlaanderen en een gedecentraliseerd systeem in Nederland, Engeland en Frankrijk.

De Eerstelijnscontrole moet worden uitgevoerd door een onafhankelijke en competente controleur, die door de nationale bevoegde instantie is aangewezen (behalve in België, waar de eerstelijnscontroleur de centrale instantie zelf is).

De door iedere begunstigde gedeclareerde uitgaven kunnen volledig worden aanvaard of gedeeltelijk of geheel worden geweigerd. Voor iedere declaratie moet de eerstelijnscontroleur een gedetailleerd verslag van de uitgevoerde controle (Eerstelijnscontrole checklist) en een certificaat ter bevestiging van de subsidiabiliteit van de goedgekeurde uitgaven (Eerstelijnscontrole certificaat) ondertekenen, nadat de controle is uitgevoerd.

De Eerstelijnscontrole dient de volgende drie stappen to volgen:

1. Doorlopende administratieve controle van documenten;

2. Ten minste één controle op de locatie van de begunstigde (aanvullend op stap 1);

3. Ten minste één "fysieke" controle op de locatie van de investering (indien aanwezig).

In overeenstemming met deze stappen zijn er drie verschillende controlechecklisten beschikbaar op de programmawebsite, één voor ieder controletype. Iedere checklist heeft specifieke vragen, gericht op de elementen die tijdens ieder controletype geverifieerd moeten worden.

Eerstelijnscontroleurs dienen de checklists accuraat in te vullen, in het bijzonder de onderdelen die vragen naar de toegepaste methode, de bevindingen en aanbevelingen. Zij dienen ook de resultaten in detail per specifieke vraag in de "comments" velden te vermelden. Iedere checklist wordt beschouwd als een hulpmiddel voor de controleur om een volledige controle te waarborgen en iedere bevinding en nuttige toelichting te rapporteren.

Voor de Nederlandse, Engelse en Franse eerstelijnscontroleurs worden er regelmatig seminaries georganiseerd door de Lidstaten en het GTS om uniforme informatie over de programmaregels aan de eerstelijnscontroleurs te verstrekken en de mogelijkheid te bieden vaak voorkomende bevindingen te delen. Deelname aan deze seminaries wordt door het Programma sterk aangeraden!