Projecten moet ieder jaar twee declaraties indienen bij het GTS. Afgezien van de eerste (die ook de voorbereidingsperiode omvat) hebben alle declaraties betrekking op een periode van zes maanden: van 1 januari t/m 30 juni en van 1 juli t/m 31 december. Na afloop van iedere verslagperiode hebben projecten nog twee maanden de tijd om hun declaratie in te dienen. Dit betekent dat samenwerkingsverbanden hun declaraties uiterlijk moeten indienen op 1 september (over het eerste semester, januari-juni) en op 1 maart (over het tweede semester, juli-december). 

Uitbetaling door het Programma geschiedt op volgorde van ontvangst van de declaraties. Daarom kunnen projecten hun declaraties het best zo snel mogelijk na het einde van de verslagperiode indienen bij het GTS. Afhankelijk van de kwaliteit van het ingediende voortgangsrapport en de tijd die het samenwerkingsverband nodig heeft om eventuele vragen van het GTS te beantwoorden, kan de subsidie één tot drie maanden na ontvangst van de declaratie door het GTS worden uitbetaald.

Elke projectpartner moet zijn eigen gedeclareerde uitgaven voor 100% laten controleren door een onafhankelijke controleur: dit heet de Eerstelijnscontrole.

Binnen het Programma wordt gewerkt met twee verschillende nationale systemen voor Eerstelijnscontrole: een gecentraliseerd systeem in Vlaanderen en een gedecentraliseerd systeem in Nederland, Engeland en Frankrijk.

De Eerstelijnscontrole moet worden uitgevoerd door een onafhankelijke en competente controleur, die door de nationale bevoegde instantie is aangewezen (behalve in België, waar de eerstelijnscontroleur de centrale instantie zelf is).

De door iedere begunstigde gedeclareerde uitgaven kunnen volledig worden aanvaard of gedeeltelijk of geheel worden geweigerd. Voor iedere declaratie moet de eerstelijnscontroleur een gedetailleerd verslag van de uitgevoerde controle (Eerstelijnscontrole checklist) en een certificaat ter bevestiging van de subsidiabiliteit van de goedgekeurde uitgaven (Eerstelijnscontrole certificaat) ondertekenen, nadat de controle is uitgevoerd.

De Eerstelijnscontrole dient de volgende drie stappen to volgen:

1. Doorlopende administratieve controle van documenten;

2. Ten minste één controle op de locatie van de begunstigde (aanvullend op stap 1);

3. Ten minste één "fysieke" controle op de locatie van de investering (indien aanwezig).

In overeenstemming met deze stappen zijn er drie verschillende controlechecklisten beschikbaar op de programmawebsite, één voor ieder controletype. Iedere checklist heeft specifieke vragen, gericht op de elementen die tijdens ieder controletype geverifieerd moeten worden.

Eerstelijnscontroleurs dienen de checklists accuraat in te vullen, in het bijzonder de onderdelen die vragen naar de toegepaste methode, de bevindingen en aanbevelingen. Zij dienen ook de resultaten in detail per specifieke vraag in de "comments" velden te vermelden. Iedere checklist wordt beschouwd als een hulpmiddel voor de controleur om een volledige controle te waarborgen en iedere bevinding en nuttige toelichting te rapporteren.

Voor de Nederlandse, Engelse en Franse eerstelijnscontroleurs worden er regelmatig seminaries georganiseerd door de Lidstaten en het GTS om uniforme informatie over de programmaregels aan de eerstelijnscontroleurs te verstrekken en de mogelijkheid te bieden vaak voorkomende bevindingen te delen. Deelname aan deze seminaries wordt door het Programma sterk aangeraden!

De eerstelijnscontrole van administratieve documenten wordt gewoonlijk uitgevoerd met een frequentie van twee controles per jaar (voor 1 maart en 1 september). Daarnaast moet de aangewezen eerstelijnscontroleur bij iedere projectpartner ten minste één controle ter plaatse uitvoeren. Indien de partnerorganisatie verantwoordelijk is voor bepaalde investeringskosten in het kader van het project, is bovendien een extra controle op de plaats van de investering vereist (in het laatste halfjaar van het project).

Daarvoor gelden verschillende procedures, afhankelijk van de lidstaat waar de projectpartner is gevestigd: 

- In Vlaanderen, waar een gecentraliseerd systeem wordt gehanteerd, wordt de eerstelijnscontrole uitgevoerd door de provincie West-Vlaanderen. 

- In Engeland, Frankrijk en Nederland, waar een gedecentraliseerd systeem geldt, moet iedere projectpartner een eerstelijnscontroleur voordragen aan de nationale bevoegde instantie in zijn eigen lidstaat. De nationale instantie is verantwoordelijk voor het goedkeuren van de eerstelijnscontroleur overeenkomstig art. 16 van Verordening (EG) nr. 1080/2006 van het Europees Parlement en de Raad (EFRO-verordening). De nationale instantie kan de voorgedragen eerstelijnscontroleur ook afwijzen indien deze niet aan de programma-eisen en/of nationale eisen voldoet.

Ja, iedere partner moet een eerstelijnscontroleur benoemen om in aanmerking te komen voor EFRO. Alleen uitgaven die door de eerstelijnscontroleur zijn gevalideerd, kunnen subsidiabel zijn. 

De eerstelijnscontroleur van de Hoofdpartner moet de subsidiabiliteit van de uitgaven van de Hoofdpartner controleren.

Daarnaast moet de eerstelijnscontroleur van de Hoofdpartner nagaan of de Hoofdpartner zijn rol van projectleider naar behoren vervult.

Daarom moet de eerstelijnscontroleur van de Hoofdpartner ook controleren of alle documenten met betrekking tot de eerstelijnscontrole die bij de projectpartners is uitgevoerd, correct zijn opgesteld en conform de programma-eisen zijn ingeleverd.

De eerstelijnscontroleur van de Hoofdpartner moet zich verzekeren van de coherentie tussen het Project financieel rapport en het Activiteitenrapport en het Aanvraagformulier. Een specifiek gedeelte in de checklist voor de 6 maandelijkse administratieve Eerstelijnscontrole is alleen voor de eerstelijnscontroleur van de Hoofdpartner bestemd.

De kosten van de eerstelijnscontrole kunnen variëren afhankelijk van de functie van de partner binnen het project (Hoofdpartner of projectpartner), de status van de controleur (overheids- of private organisatie), het land waar de projectpartner is gevestigd, de hoogte van de uitgaven per declaratie, enz. Ter indicatie kan worden gesteld dat een budget tussen EUR 3.000 en 10.000 per partner als redelijk kan worden beschouwd. Hoe dan ook is het van belang dat alle projectpartners van meet af aan hiervoor een realistisch budget in het aanvraagformulier opnemen. Voor alle leveringen van diensten geldt dat aan de nationale en Europese regels voor openbare aanbestedingen moet worden voldaan.