L’Assistance Technique du Programme des 2 Mers se compose du Secrétariat Technique Conjoint (STC) et du réseau d’animation territoriale. Le STC est situé à Lille (FR) et une de ses tâches est de coordonner le réseau d’animation territoriale. Ce dernier est composé de 8 animateurs au total qui sont basés dans les différents territoires couverts par le Programme.
Bien que travaillant ensemble étroitement sur diverses matières, les tâches et responsabilités du STC et des animateurs sont clairement séparées. L’animation territoriale assiste les idées de projets durant leur phase de développement ; ils peuvent aider à trouver le partenaire approprié, assister aux réunions de préparation entre partenaires et ainsi fournir des conseils sur la manière de remplir le dossier de candidature. Le Secrétariat Technique Conjoint est quant à lui responsable du développement du Programme, de l’évaluation des projets déposés et du suivi de la mise en œuvre des projets approuvés.